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第1章 介绍：共生和共生总基因组概念 1

共生总基因组概念 1

历史回顾 2

概念和定义 3

要点 5

参考文献 6

第2章 原核生物和真核生物的起源 8

关于原始细胞起源的推测 8

原核生物和真核生物的起源 10

病毒的起源 12

多细胞生物体的起源 13

要点 15

参考文献 16

第3章 微生物区系的丰度和多样性 20

微生物区系的丰度 20

微生物区系的多样性 21

无脊椎动物的微生物区系 23

脊椎动物的微生物区系 24

植物的微生物区系 26

影响微生物区系丰度和多样性的因素 28

要点 30

参考文献 30

第4章 微生物区系在共生总体上下代间的传递 36

无脊椎动物 38

脊椎动物 39

植物 41

微生物区系的传递和社会行为 42

传递和共生总体概念 43

要点 43

参考文献 44

第5章 微生物区系是共生总体适应性的一部分 48

微生物区系防御病原体 50

微生物区系为宿主提供营养 51

微生物区系影响动物和植物的发育 54

肥胖 57

微生物区系影响动物行为 58

细菌在交配偏好和物种形成中发挥作用 59

微生物区系与解毒 60

温度适应 61

微生物区系温暖它们的宿主 62

共生总体是一个独特的生物实体 63

要点 63

参考文献 64

第6章 共生总体的变异 70

达尔文学说与拉马克学说 70

共生总体的变异模式 72

微生物的扩增 73

新共生体的获得和“卫生假说” 75

基因水平转移 76

获得性遗传（拉马克学说） 78

要点 78

参考文献 79

第7章 病毒是共生总体适应性和进化的一部分 83

共生总体中病毒的丰度和多样性 83

病毒的传递 85

病毒是生物体适应性和进化的一部分 86

要点 89

参考文献 90

第8章 共生总体的进化 94

介绍 94

进化的选择水平和漂变 95

共生总体的随机漂变和进化 97

合作和欺骗 98

合作的进化 100

共生总基因组和物种形成 103

复杂生物进化中的竞争与合作 105

要点 106

参考文献 107

第9章 病原菌共生体 112

人类传染性疾病 113

植物传染性疾病 117

病毒病原体 119

细菌病原体进入非结瘤共生体的进化实验 120

兔黏液瘤病：宿主-寄生物共进化的一个案例 121

人类微生物区系和非传染性疾病 121

从进化角度考虑共生总体中病原体的作用 123

要点 125

参考文献 126

第10章 益生元、益生菌、合生素和噬菌体治疗 131

介绍 131

益生元：通过扩增自身菌群来改变共生总体 132

益生菌：通过摄取外来菌群来改变共生总体 133

合生素 135

噬菌体治疗 136

要点 139

参考文献 140

第11章 结语 146

概要 146

需要进一步分析微生物多样性 146

共生总体中微生物区系的生理及其他功能 148

免疫系统与微生物共生体间的互作 148

微生物对人类、动物和植物共生体健康的贡献 149

共生总体的变异和进化 150

生物学或微生物学教学 151

参考文献 152