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第一篇绪论 2

第一章 乳杆菌属天然质粒概述 2

第一节 质粒基本概念 2

第二节 乳杆菌属天然质粒基因组学研究现状 3

参考文献 4

第二章 乳杆菌属天然质粒的数据来源、研究目的和意义 7

第一节 研究范围和数据来源 7

第二节 研究方法 7

第三节 研究目的和意义 8

参考文献 9

第二篇 乳杆菌属代表性物种天然质粒研究 12

第三章 植物乳杆菌天然质粒 12

第一节 植物乳杆菌质粒基因组特征 12

第二节 植物乳杆菌质粒分类 14

第三节 植物乳杆菌质粒系统进化和起源 24

第四节 结论 41

参考文献 42

第四章 短乳杆菌天然质粒 46

第一节 短乳杆菌质粒基因组特征 46

第二节 短乳杆菌质粒分类 47

第三节 短乳杆菌质粒系统进化和起源 55

第四节 结论 62

参考文献 62

第五章 德氏乳杆菌天然质粒 66

第一节 德氏乳杆菌质粒基因组特征 66

第二节 德氏乳杆菌质粒分类、系统进化和起源 67

第三节 结论 72

参考文献 72

第六章 干酪乳杆菌和副干酪乳杆菌天然质粒 74

第一节 干酪乳杆菌和副干酪乳杆菌质粒基因组特征 74

第二节 干酪乳杆菌和副干酪乳杆菌质粒分类、系统进化和起源 75

第三节 结论 88

参考文献 89

第七章 唾液乳杆菌天然质粒 91

第一节 唾液乳杆菌质粒基因组特征 91

第二节 唾液乳杆菌质粒分类、系统进化和起源 92

第三节 结论 101

参考文献 101

第三篇 乳杆菌属天然质粒研究 104

第八章 乳杆菌属天然质粒结构、分布和基本特征 104

第一节 乳杆菌属天然质粒基因组结构和组成 104

第二节 乳杆菌属天然质粒分布 106

第三节 乳杆菌属天然质粒基因组基本特征 108

参考文献 110

第九章 乳杆菌属天然质粒复制类型和复制子特征 113

第一节 乳杆菌属天然质粒复制类型 113

第二节 乳杆菌属天然质粒复制子特征 114

第三节 结论 118

参考文献 118

第十章 乳杆菌属天然质粒功能 120

第一节 稀有糖代谢 122

第二节 抗生素抗性 123

第三节 细菌素合成 124

第四节 胞外多糖合成 125

第五节 其他功能 125

参考文献 126

第十一章 乳杆菌属天然质粒系统分类和进化关系 129

第一节 乳杆菌属编码Rep蛋白质粒的分类 129

第二节 乳杆菌属天然质粒系统分类和进化关系 180

第三节 结论 203

参考文献 204

第十二章 乳杆菌属天然质粒祖先和起源 209

第一节 基于基因组GC含量的祖先和起源 209

第二节 基于同源性质粒和宿主范围的祖先和起源 211

第三节 结论 215

参考文献 216

附录一 乳杆菌属天然质粒基因组序列数据信息 217

附录二 本书专业名词中英文对照表 225