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第1章 基因组学概述 1

1.1基因组学的定义和分类 1

1.2基因组学的历史回顾和挑战 5

1.3基因组学的研究范围和方法 11

1.4微生物功能基因组学的重要性 15

第2章 基因功能预测的计算方法 17

2.1基因功能推断的方法 17

2.2从基因序列到功能 20

2.3以结构为基础的功能预测 25

2.4在系统水平上的功能推断 28

2.5非同源的方法进行功能推断 29

第3章 微阵列基因表达谱数据分析 31

3.1微阵列基因表达数据的归一化 31

3.2微阵列基因表达谱结果分析 35

3.3共表达基因的识别 37

3.4差异表达基因的识别 42

3.5基因表达数据分析在途径推理中的应用 45

第4章 病原细菌的生物危害及其耐药性 47

4.1病原细菌与细菌性疾病 47

4.2病原细菌的生物危害及防护对策 53

4.3细菌的分泌系统 58

4.4病原细菌的耐药性 70

4.5抗菌药物的分类及作用机制 74

第5章 研究细菌致病机制的动物模型 77

5.1哺乳动物感染模型 77

5.2非哺乳类脊椎动物感染模型：斑马鱼 82

5.3无脊椎动物感染模型：秀丽隐杆线虫和其他线虫 85

5.4昆虫感染模型 89

5.5植物感染模型 93

5.6细胞感染模型 95

第6章 病原细菌致病基因组研究策略 99

6.1病原细菌基因组研究进展 99

6.2病原细菌比较基因组学研究策略 102

6.3功能基因组学研究策略 104

6.4细菌致病有关的基因决定簇 108

第7章 研究病原细菌基因功能的新方法 116

7.1体内表达技术及其应用 116

7.2重组工程及其在细菌遗传学中的应用 126

7.3蛋白质组学在研究病原微生物基因功能中的应用 136

第8章 细菌入侵细胞的主要机制 146

8.1细菌进入宿主细胞的机制 146

8.2细菌在细胞质中的作用机制 151

8.3细菌在囊泡中的作用机制 155

第9章 细菌对宿主防御系统的免疫逃避机制 161

9.1细菌对宿主营养物质的利用：以铜绿假单胞菌的研究为例 161

9.2细菌逃避补体系统 168

9.3细菌对抗菌肽的抗性 178

9.4细菌诱导宿主细胞死亡 183

参考文献 208