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第一章　染色质的结构与功能 1

第一节　染色质的基本结构 2

一、染色质的基本单位——核小体 2

二、核小体的装配与相位 5

三、染色质高级结构 10

第二节　染色质结构域及其相关元件 12

一、染色质的结构域效应 13

二、染色质元件及其结合蛋白 16

第三节　染色质的修饰与结构重塑 22

一、染色质的修饰及其意义 22

二、染色质高级结构的分类和修饰特征 24

第四节　染色质与表观遗传调控网络 28

结束语 31

参考文献 32

第二章　核心组蛋白的修饰 35

第一节　组蛋白密码 35

一、组蛋白修饰与基因转录调控 36

二、组蛋白修饰的生理与病理意义 39

第二节　组蛋白乙酰化修饰 42

一、组蛋白乙酰基转移酶 42

二、天然核小体乙酰化复合物 47

三、组蛋白乙酰基转移酶和FAT 48

四、组蛋白去乙酰基酶 49

第三节　组蛋白甲基化修饰 54

一、组蛋白赖氨酸甲基化 54

二、组蛋白精氨酸甲基化 58

三、组蛋白去甲基化 59

第四节　组蛋白磷酸化 61

一、组蛋白H3磷酸化 61

二、组蛋白H2B磷酸化 64

三、组蛋白H2A和组蛋白H4的磷酸化 64

第五节　组蛋白其他类型修饰 65

一、组蛋白泛素化修饰 65

二、组蛋白SUMO化修饰 67

三、组蛋白生物素化修饰 69

第六节　组蛋白修饰的网络 70

一、组蛋白修饰的顺式相互作用 70

二、组蛋白修饰的反式相互作用 71

三、组蛋白甲基化与DNA甲基化之间的相互作用 72

结束语 73

参考文献 74

第三章　依赖于ATP的染色质重塑复合物 76

第一节　概述 76

一、染色质重塑复合物的组成 77

二、染色质重塑复合物的作用机制 79

三、染色质重塑复合物对基因转录的激活作用 83

四、染色质重塑复合物参与抑制基因的转录 85

第二节　SWI/SNF复合物家族 87

一、SWI/SNF复合物家族的组成 87

二、SWI/SNF复合物的结构域及功能 89

三、不同的SWI/SNF复合物提供特定的功能 94

第三节　ISWI复合物家族 101

一、ISWI复合物的功能 101

第四节　Mi-2复合物家族 104

二、种类繁多的ISWI复合物 104

二、MBD2、MBD3与DNA甲基化 105

一、Mi-2的功能特异性 105

三、MTA蛋白家族与Mi-2/NuRD的功能特异性 106

第五节　Ino80和SWR1染色质重塑复合物 107

一、Ino80和SWR1重塑复合物的亚基组成 107

二、参与组蛋白的交换 107

三、参与DNA损伤断裂修复 108

第六节　ATP依赖的染色质重塑复合物与其他染色质重塑机制的联系 111

一、重塑机制协同激活转录 112

二、重塑机制协同抑制转录 114

结束语 115

参考文献 116

一、原核生物甲基化现象 117

第四章 真核基因组DNA的甲基化修饰 117

第一节 甲基化的基本概念 117

二、真核生物胞嘧啶甲基化 118

第二节　DNA甲基化对真核基因表达调控的作用 122

一、DNMT家族介导转录抑制活性 122

二、MBD家族介导的转录阻遏机制 125

三、DNA甲基化排斥转录因子 130

四、DNA甲基化和组蛋白修饰协同参与转录调控 131

第三节　DNA甲基化在重大生命活动中的调控作用 133

一、DNA甲基化在重要生理活动中的调控作用 134

二、DNA甲基化在疾病中的调控作用 136

第四节 甲基转移酶抑制剂在肿瘤治疗中的作用 141

参考文献 143

结束语 143

第一节　RNA干扰及其机制 145

一、RNA干扰的转录后沉默 145

第五章 RNA与染色质 145

二、siRNAs与miRNAs的联系和区别 148

第二节　RNAi介导的转录水平沉默 148

一、RNA指导的DNA甲基化 151

二、依赖RNAi的异染色质形成 156

第三节 RNA干扰的应用 169

一、RNA干扰在基因功能研究上的应用 169

二、RNA干扰在医药科学上的研究及应用前景 174

结束语 178

参考文献 178

一、染色质免疫沉淀分析 180

附录 辅助阅读材料 180

二、全基因组定位技术 183

三、核小体相位分析 186

四、染色质DNA酶I高敏感位点的检测 188

五、体内DNA足迹法 190

六、体外染色质装配 194

七、分离组蛋白变异体及修饰异构体 199

八、电泳迁移率变更检测法 200

九、DNA甲基化检测方法 202

十、RNA干扰技术 211

十一、染色质构象捕获技术 217

索引 220