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第一章 鱼类基因组及重要性状相关功能基因研究进展概述 1

第一节 引言 1

第二节 全基因组测序技术发展概述 1

第三节 鱼类高密度遗传连锁图谱构建研究进展概述 3

第四节 鱼类物理图谱构建研究进展概述 4

第五节 鱼类全基因组测序与精细图谱绘制研究进展概述 6

第六节 鱼类基因组的特征 8

第七节 鱼类基因组进化 9

第八节 鱼类重要性状相关功能基因筛选与克隆研究进展概述 16

参考文献 25

第二章 半滑舌鳎基因组 36

第一节 引言 36

第二节 半滑舌鳎高密度遗传连锁图谱 37

第三节 半滑舌鳎BAC文库与物理图谱 42

第四节 半滑舌鳎全基因组测序与精细图谱构建 43

第五节 半滑舌鳎功能基因注释与基因家族 48

第六节 半滑舌鳎基因组与性染色体进化 51

第七节 半滑舌鳎转录组分析 56

第八节 半滑舌鳎生殖和生长相关基因的克隆与功能分析 60

第九节 半滑舌鳎性逆转的表观遗传学调控机制 65

参考文献 72

第三章 鲤基因组 78

第一节 引言 78

第二节 鲤遗传连锁图谱 79

第三节 鲤BAC文库构建与物理图谱 82

第四节 鲤全基因组组装与注释 95

第五节 鲤基因组进化 98

第六节 鲤遗传多样性分析 100

第七节 鲤SNP分型工具开发 102

第八节 重要经济性状、数量性状位点研究 104

第九节 鲤性状解析及基因功能研究 106

第十节 总结和展望 110

参考文献 111

第四章 草鱼基因组 118

第一节 引言 118

第二节 草鱼高密度遗传连锁图谱 119

第三节 草鱼BAC文库构建 132

第四节 草鱼基因组组装 135

第五节 草鱼基因组注释和基因进化 142

第六节 草鱼食性转变机制研究 153

参考文献 158

第五章 大黄鱼基因组 164

第一节 引言 164

第二节 大黄鱼BAC文库构建与物理图谱 165

第三节 大黄鱼全基因组组装与精细图谱 167

第四节 大黄鱼基因功能注释与基因家族 170

第五节 大黄鱼基因组进化分析 171

第六节 大黄鱼免疫性状的基因组特征 178

第七节 大黄鱼对环境胁迫的适应性机制研究 181

第八节 大黄鱼高密度遗传连锁图谱和染色体图谱 191

参考文献 196

第六章 菊黄东方鲀基因组 198

第一节 引言 198

第二节 菊黄东方鲀全基因组测序与组装 202

第三节 菊黄东方鲀基因组结构特征 206

第四节 菊黄东方鲀功能基因注释与基因家族 211

第五节 菊黄东方鲀基因组进化 216

参考文献 218

第七章 牙鲆基因组 222

第一节 引言 222

第二节 牙鲆高密度遗传连锁图谱 223

第三节 牙鲆BAC文库构建及其应用 228

第四节 牙鲆全基因组测序与精细图谱绘制 231

第五节 牙鲆基因组结构和功能注释 234

第六节 牙鲆基因家族及其进化 238

第七节 牙鲆体色不对称的分子机制 241

参考文献 246

第八章 金线鲃基因组 250

第一节 引言 250

第二节 金线鲃全基因组测序与组装 251

第三节 金线鲃基因组特征与进化 256

第四节 金线鲃比较基因组学研究与转录组分析 258

第五节 总结与展望 262

参考文献 263

第九章 ？鱼基因组 266

第一节 引言 266

第二节 ？鱼全长cDNA文库和转录组文库测序 267

第三节 ？鱼全基因组测序与组装 270

第四节 ？鱼基因组特征与注释 276

第五节 ？鱼系统发生与基因组进化 285

第六节 ？鱼免疫系统特征 291

第七节 ？鱼对生境的感官适应 296

参考文献 309

第十章 大菱鲆基因组 315

第一节 引言 315

第二节 大菱鲆分子标记开发与高密度遗传连锁图谱构建 316

第三节 大菱鲆性别相关分子标记的筛选与鉴定 318

第四节 大菱鲆cDNA文库构建与功能基因发掘概述 320

第五节 大菱鲆BAC文库构建与染色体FISH定位 322

第六节 大菱鲆全基因组测序及精细图谱绘制与分析 325

参考文献 330

第十一章 龙鱼基因组 334

第一节 引言 334

第二节 金龙鱼高密度遗传连锁图谱构建 335

第三节 龙鱼全基因组测序与组装 339

第四节 龙鱼基因组特征与进化 345

第五节 龙鱼转录组分析 348

第六节 金龙鱼性别决定及候选调控基因dmrt3a 350

第七节 总结与展望 351

参考文献 353

第十二章 鱼类性别决定基因各论 356

第一节 引言 356

第二节 半滑舌鳎雄性决定基因dmrtl 357

第三节 罗非鱼雄性决定基因amhy/amhr Ⅱ 363

第四节 青鳉雄性决定基因DMY 369

第五节 青鳉雄性决定基因gsdf 374

第六节 虹鳟雄性决定基因sdy 381

第七节 红鳍东方鲀性别决定基因amhr2 384

第八节 银汉鱼雄性决定基因amhy 388

参考文献 391

第十三章 鱼类抗病免疫相关基因各论 396

第一节 引言 396

第二节 鱼类抗菌肽基因 396

第三节 鱼类主要组织相容性复合体（MHC）基因 403

第四节 鱼类天然抗性相关巨噬蛋白（Nramp）基因 410

第五节 鱼类趋化因子基因 414

第六节 鱼类溶菌酶基因 424

第七节 鱼类自然杀伤细胞增强因子（NKEF）基因 429

第八节 鱼类STAT3和STAT2基因 433

第九节 鱼类GRIM 19基因 439

第十节 鱼类Akirin基因 446

参考文献 451

第十四章 鱼类低温适应的分子机制 461

第一节 引言 461

第二节 极地低温适应鱼类基因组和转录组的特征 461

第三节 鱼类低温响应的基因调控网络 466

第四节 鱼类抗冻蛋白基因的起源及对其低温适应功能的再认识 470

第五节 极端低温环境下鱼类基因丢失与血液发生系统的分子进化 471

参考文献 473

第十五章 比目鱼类变态的分子基础 476

第一节 引言 476

第二节 调控牙鲆眼睛移动的分子基础 481

第三节 调控牙鲆额骨变形的分子基础 490

第四节 调控牙鲆背鳍冠状幼鳍发生的分子基础 499

第五节 变态过程中甲状腺激素调控比目鱼类体型变化 504

参考文献 512

第十六章 淡水养殖鱼类基因组编辑技术的建立与应用 518

第一节 引言 518

第二节 基因组编辑原理 519

第三节 淡水养殖鱼类基因组编辑 525

第四节 基因组编辑技术在罗非鱼性别控制中的应用 530

第五节 基因组编辑技术在鱼类遗传改良和育种中的应用前景 538

参考文献 540

第十七章 海水养殖鱼类基因组编辑技术的建立与应用 545

第一节 引言 545

第二节 海洋模式动物基因组编辑技术研究进展概述 546

第三节 海水鲆鲽鱼类胚胎显微注射技术的建立 546

第四节 海水鲆鲽鱼类基因组编辑技术的建立与应用 549

第五节 基因组编辑技术在海水鱼类遗传改良中的应用展望 561

参考文献 562

第十八章 鲆鲽鱼类全基因组选择育种技术的建立与应用 564

第一节 引言 564

第二节 全基因组选择的基本原理 566

第三节 鱼类基因组SNP标记遗传效应及基因组育种值的预测方法 567

第四节 牙鲆全基因组选择技术的建立及“鲆优2号”良种的创制 569

第五节 半滑舌鳎抗病性状的全基因组选择技术的建立 580

参考文献 587

第十九章 鱼类基因组及其育种技术的发展战略与建议 589

第一节 鱼类基因组及其育种技术研究存在的主要问题 589

第二节 发展战略与关键技术 591

第三节 重点科研计划项目建议 592

第四节 展望 594

参考文献 595

附录1缩略词 596

附录2基因/蛋白质名称 601