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1 DNA测序简介&Stuart M.Brown 1

2测序信息学的历史&Stuart M.Brown 21

3第二代测序数据的可视化&Phillip Ross Smith， Kranti Konganti和Stuart M.Brown 34

4 DNA序列比对&Efstratios Efstathiadis 48

5用广义de Bruijn有向图算法组装基因组&D.Frank Hsu 62

6用短序列读段从头组装细菌基因组&Silvia Argimon和Stuart M.Brown 73

7基因组注释&Steven Shen 84

8使用第二代测序技术检测序列变异&Jinhua Wang， Zuojian Tang和Stuart M.Brown 96

9 ChIP-seq&Zuojian Tang， Christina Schweikert， D.Frank Hsu和Stuart M.Brown 104

10使用第二代测序进行RNA测序&Stuart M.Brown， Jeremy Goecks和James Taylor 129

11元基因组学&Alexander Alekseyenko和Stuart M.Brown 143

12 DNA测序信息学中的高性能计算&Efstratios Efstathiadis和Eric R.Peskin 149

术语表 165

索引 174