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第一章 小核酸药物的研发 1

1 小核酸药物 1

1.1 反义寡核苷酸 1

1.2 三链DNA技术 2

1.3 CpG寡核苷酸 2

1.4 Aptamer技术 3

1.5 Decoy技术 3

1.6 核酶 4

1.7 siRNA药物 5

1.8 microRNA药物 5

2 小核酸药物研发 6

2.1 小核酸药物的研究阶段 7

2.2 小核酸药物的开发和产业化阶段 7

2.3 小核酸药物的商业化阶段 8

3 生物技术药物产业化 8

参考文献 9

第二章 反义寡核苷酸药物开发技术 12

1 引言 12

2 反义寡核苷酸的作用机理 13

2.1 水解靶标mRNA 13

2.2 调节前体mRNA的剪接 14

2.3 阻断蛋白质的翻译 15

2.4 切除mRNA5’端帽子结构 16

2.5 调节mRNA多聚腺苷酸化位点 17

3 反义寡核苷酸的化学修饰 18

3.1 寡核苷酸化学修饰的种类 18

3.2 寡核苷酸药物化学修饰的应用和创新 24

4 反义寡核苷酸的药物传递 24

4.1 脂质体介导的递送方法 25

4.2 特异受体的配体导向递送方法 26

4.3 纳米粒介导的递送方法 27

5 反义寡核苷酸的应用 27

5.1 利用反义寡核苷酸研究基因功能 27

5.2 反义寡核苷酸在肿瘤治疗中的应用 32

6 反义寡核苷酸药物开发现状 34

参考文献 38

第三章 三链核酸 41

1 三链DNA的结构 41

2 三链DNA的设计与合成 44

3 三链DNA的应用 45

3.1 顺向嘧啶（TC）寡核苷酸的识别效应 46

3.2 反向嘌呤（G、GA、GT）寡核苷酸的识别效应 46

3.3 识别TA断点的寡核苷酸 48

3.4 识别CG和TA断点同时存在的寡核苷酸 49

3.5 前景及预测 50

参考文献 50

第四章 CpG寡核苷酸与免疫调节 52

1 CpG结构特征 53

2 CpG ODN的免疫学活性 54

3 CpG ODN的应用 55

3.1 CpG ODN抗肿瘤的研究 55

3.2 CpG ODN抗感染的研究 56

3.3 CpG ODN作为疫苗佐剂的研究 57

3.4 前景与问题 58

参考文献 58

第五章 Aptamer技术 61

1 适配子的筛选 61

1.1 SELEX技术的基本原理和过程 61

1.2 SELEX技术的特点 63

1.3 SELEX技术的完善 63

2 适配子的特点 64

2.1 适配子的优点 64

2.2 适配子与抗体 65

3 适配子在治疗方面的应用 66

3.1 抗凝血 66

3.2 抑制血管生成 68

3.3 免疫调节 68

3.4 抗病毒 70

3.5 炎症治疗 70

3.6 抑制增殖 71

4 适配子在肿瘤学方面的应用 72

4.1 肿瘤诊断 72

4.2 肿瘤治疗 73

5 适配子在其他方面的应用 75

5.1 生物传感器 75

5.2 适配子技术与纳米技术的结合 76

5.3 适配子在环境毒理学中的应用 77

5.4 小结 78

参考文献 79

第六章 Decoy技术 83

1 转录因子decoy策略的概念及作用原理 83

2 转录因子decoy的化学修饰 84

3 转录因子decoy的优点 84

4 转录因子decoy的应用进展 84

4.1 E2F decoy 85

4.2 NF-kappaB decoy 86

4.3 AP-1 decoy 88

4.4 STAT3 decoy 89

4.5 CRE-decoy 90

4.6 Sp1-decoy 91

4.7 Egr-1 decoy 91

5 Decoy技术应用前景及存在的主要问题 92

参考文献 92

第七章 核酶 98

1 核酶 99

1.1 Ⅰ型内含子 99

1.2 Ⅱ型内含子 102

1.3 RNase P 105

1.4 锤头型核酶 107

1.5 发夹型核酶 110

1.6 HDV核酶 111

1.7 VS核酶 112

2 核酶的应用 114

2.1 抗肿瘤血管生成 114

2.2 AIDS的治疗 116

2.3 病毒性肝炎基因治疗研究 123

2.4 小结 123

参考文献 124

第八章 siRNA药物开发技术 132

1 siRNA的原理和作用机制 132

1.1 RNAi的分子机制 132

1.2 siRNA的设计原则 133

1.3 siRNA的合成方法 134

2 siRNA的应用 136

2.1 基础医学 136

2.2 siRNA在药物研究中的应用 137

2.3 siRNA在临床医学研究中的应用 139

2.4 前景及问题 141

参考文献 141

第九章 microRNA药物开发技术 144

1 microRNA的生物合成和作用机制 145

1.1 microRNA的生物合成 145

1.2 microRNA的作用机制 146

2 microRNA在疾病发生中的作用 146

2.1 microRNA与肿瘤 148

2.2 microRNA与其他疾病 151

3 microRNA在疾病治疗中的应用 152

3.1 高表达的microRNA与疾病的治疗 153

3.2 低表达的microRNA与疾病的治疗 155

4 microRNA核酸药物的应用前景及存在的主要问题 156

参考文献 156

第十章 生物芯片技术在药物开发中的应用 163

1 生物芯片的概念 163

1.1 基因芯片 164

1.2 蛋白质芯片 165

1.3 组织芯片 165

1.4 芯片实验室 166

2 生物芯片技术在药物开发中的应用 167

2.1 基因芯片技术的应用 167

2.2 蛋白质芯片在药物开发中的作用 172

2.3 组织芯片在药物开发中的作用 176

2.4 芯片实验室在药物开发中的作用 176

3 结语 178

参考文献 178

第十一章 蛋白质组学与药物开发 180

1 蛋白质组学 180

2 蛋白质组学简介 180

2.1 蛋白质组学产生的科学背景 180

2.2 蛋白质组学的概念 181

2.3 国际蛋白质组学计划 185

2.4 中国的肝脏蛋白质组计划 186

3 蛋白质组学的研究内容 187

3.1 研究内容 188

3.2 研究方法 188

3.3 研究技术 189

4 蛋白质组学的应用及意义 191

4.1 蛋白质组学的应用 191

4.2 蛋白质组研究的意义 195

5 蛋白质组学发展现状趋势与展望 197

5.1 趋势与展望 197

5.2 中国蛋白质组学的现状与趋势 199

参考文献 199

第十二章 代谢组学与药物开发 202

1 代谢组与代谢组学定义 202

2 代谢组学与基因组学、转录组学和蛋白质组学 203

3 代谢组学的研究方法 204

4 代谢组学分析技术 205

4.1 核磁共振技术 205

4.2 色谱与质谱联用技术 206

4.3 色谱-核磁-质谱联仪法 208

4.4 代谢组数据分析 208

5 代谢组学在医药研究中的应用 209

5.1 在功能基因组研究中的应用 209

5.2 在疾病诊断研究中的应用 210

5.3 在药物研发中的应用 210

5.4 在中医药研究中的应用 211

5.5 展望 212

参考文献 212

第十三章 生物信息学与药物开发 214

1 生物信息学简介 214

1.1 历史背景 214

1.2 研究范围 219

1.3 生物数据库 223

2 生物信息与医药应用 233

2.1 生物靶标 233

2.2 通路与网络 236

2.3 生物信息综合分析应用 239

2.4 药物开发 241

参考文献 242

第十四章 系统生物学在药物开发和中医药现代化中的作用 245

1 系统生物学 246

1.1 系统生物学思维方法 246

1.2 系统生物学的基本工作流程 246

1.3 系统生物学的基本特点 248

2 系统生物学与药物开发 250

2.1 实验方法 251

2.2 数据分析和途径信息学 251

2.3 文献挖掘 251

2.4 数学建模 252

3 系统生物学与中医药现代化 252

3.1 中医理论与系统生物学的共同语言 252

3.2 系统生物学是中西医结合的创新平台 255

3.3 系统生物学展望 256

参考文献 256