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第一章 绪论 1

1.1 引言 1

1.2 药物先导化合物的发现 2

1.3 计算机辅助药物设计的策略 4

1.4 计算机辅助药物设计成功的例子 7

1.5 结语 15

参考文献 17

第二章 量子化学计算方法 22

2.1 引言 22

2.2 药物和生物分子计算的量子化学方法 23

2.3 环境的影响——溶剂效应的理论计算方法 54

2.4 生物大分子量子化学计算方法 63

2.5 结语 71

参考文献 71

第三章 分子力学 76

3.1 引言 76

3.2 理论方法 77

3.3 构象分析方法 91

3.4 分子力学在药物设计中的应用 97

3.5 结语 101

参考文献 101

第四章 配体-受体相互作用及其结合自由能的理论计算 106

4.1 引言 106

4.2 配体-受体相互作用的热力学过程 107

4.3 分子动力学与自由能微扰方法 111

4.4 结合自由能的经验计算方法 119

4.5 结语 132

参考文献 133

第五章 定量构效关系 141

5.1 引言 141

5.2 二维定量构效关系分析方法 141

5.3 3D-QSAR方法 165

5.4 QSASR的应用 174

5.5 结语 187

参考文献 188

第六章 药效基团模型 196

6.1 引言 196

6.2 药效基团的概念及用途 198

6.3 活性构象 205

6.4 分子叠合方法 206

6.5 药效基团的建立和评估的理论计算方法 211

6.6 受体排斥体积和受体必需体积 213

6.7 三维药效基团模型及应用举例 214

6.8 结语 222

参考文献 223

第七章 三维结构数据库搜寻 228

7.1 引言 228

7.2 三维结构的来源 228

7.3 二维结构搜寻 233

7.4 三维结构搜寻 234

7.5 有关三维结构搜寻的软件 241

7.6 应用举例 244

7.7 结语 249

参考文献 250

第八章 分子对接 255

8.1 引言 255

8.2 分子对接法的基本原理 255

8.3 Docking 256

8.4 Dock 257

8.5 AutoDock 262

8.6 FlexX 266

8.7 FlexiDock 270

8.8 分子对接在药物设计中的应用 273

8.9 结语 277

参考文献 277

第九章 全新药物设计 282

9.1 引言 282

9.2 全新药物设计概述 283

9.3 全新药物设计方法 285

9.4 结语 299

参考文献 300

第十章 组合化学与药物设计 309

10.1 引言 309

10.2 化学库合成方法简介 310

10.3 组合化学中分子差异性设计方法 314

10.4 虚拟组合化学库 316

10.5 基于结构的药物设计与组合化学的结合 325

10.6 结语 328

参考文献 329

第十一章 二氢叶酸还原酶的作用机理及其抑制剂设计 332

11.1 引言 332

11.2 作为药物的DHFR抑制剂 333

11.3 DHFR的氨基酸序列 333

11.4 DHFR的晶体结构及其与抑制剂的作用 336

11.5 基于结构的DHFR抑制剂设计 351

11.6 结语 354

参考文献 355

第十二章 HIV蛋白酶抑制剂的设计 360

12.1 引言 360

12.2 HIV PR的结构 360

12.3 与配体(抑制剂)结合后HIV PR的结构特性 362

12.4 HIV PR-抑制剂复合物的结构 364

12.5 HIV PR抑制剂的设计 371

12.6 结语 377

参考文献 378

第十三章 其他酶抑制剂的设计 383

13.1 引言 383

13.2 胸苷酸合成酶抑制剂 383

13.3 碳酸酐酶抑制剂 387

13.4 嘌呤核苷磷酸化酶抑制剂设计 393

13.5 中性肽链内切酶抑制剂 395

13.6 血管紧张素和NEP二元抑制剂 397

13.7 唾液酸酶抑制剂 399

13.8 凝血酶抑制剂 400

13.9 结语 402

参考文献 404

第十四章 阿片受体三维结构的模建和配体-受体相互作用研究 410

14.1 引言 410

14.2 阿片受体选择性配体的研究状况 411

14.3 阿片受体的分子生物学 414

14.4 阿片受体三维结构的模拟方法 417

14.5 μ阿片受体与芬太尼类化合物相互作用的分子模拟 431

14.6 δ阿片受体及其与配体相互作用的分子模拟 441

14.7 κ阿片受体及其与选择性配体作用的分子模拟 448

14.8 阿片孤儿受体三维结构模建及其与配体相互作用研究 455

14.9 结语 466

参考文献 466

附录 480

主题词索引 480

人名索引 484