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导论 1

第一节 药物发现 1

一、药物发现的历史 1

二、药物发现的定义 1

三、药物发现的阶段 2

四、新药研发的社会科学 5

第二节 药物设计 9

一、靶点和配体 10

二、药物作用的体内过程 10

三、先导物 11

四、合理药物设计 12

五、筛选途径 17

六、虚拟筛选 19

七、先导物优化及药物设计原理和方法 19

八、立体异构药物和外消旋转换 20

结语 22

第一章 基于筛选途径的药物发现 24

第一节 化合物的来源 24

一、天然产物的提取 24

二、通过组合化学合成的化合物 27

三、各研究机构库存化合物 27

第二节 组合化学和化合物组合库 27

一、概述 27

二、固相组合合成 29

三、液相组合化学 43

第三节 筛选模型和方法学 54

一、药物靶点的选择和确证 54

二、筛选模型和方法学 55

三、高通量筛选 56

四、高内涵筛选 60

结语 62

第二章 基于靶点的药物设计 64

第一节 药物发现的方法学 64

一、基于功能的途径 64

二、基于症状的途径 65

三、基于机制的途径 66

四、三种药物发现途径的特点比较 67

第二节 药物靶点的发现和确证 69

一、药物靶点的内涵 69

二、确定药物靶点在新药研究中的意义 69

三、药物靶点研究的现状 69

四、药物靶点的发现途径 71

五、药物靶点发现的识别和确证过程 71

六、药物靶点研究的主要技术平台 74

第三节 基于靶点的药物设计方法 75

一、基因性靶点及药物设计方法 76

二、机制性靶点及药物设计方法 77

第四节 实例 78

一、治疗早老性痴呆药物的研究 78

二、抗消化性溃疡药物的研究 83

三、抗肿瘤靶点研究 88

结语 94

第三章 基于性质的药物设计 95

第一节 概述 95

第二节 药物理化性质与其体内过程间的关系 96

一、药物在体内的ADME过程 96

二、药动学 105

第三节 类药性及其测量方法 108

一、类药性 108

二、类药性的测量方法 109

第四节 类药性预测方法 114

一、原始数据库的分析 115

二、简单的虚拟筛选方法 116

三、识别药物与非药物的计算方法 117

四、药动学性质预测方法 118

五、类药性预测方法的比较 120

第五节 药动学优化 120

一、通过结构修饰改善化合物药动学性质 120

二、通过制剂方法改善药物药动学性质 126

结语 131

第四章 基于结构的药物设计 134

第一节 基本概念 134

一、受体理论和药物-受体相互作用 134

二、药物的结构与生物活性的关系 137

三、基于结构的药物设计的策略 139

四、计算机辅助药物设计 140

第二节 计算机辅助药物设计的基本理论和技术 142

一、三维结构的理论计算方法 142

二、分子三维结构测定 147

三、分子模拟 150

四、计算机硬件和软件 153

第三节 基于靶点结构的药物设计——直接法 154

一、生长法 157

二、连接法 159

三、其他方法 160

第四节 基于配体结构的药物设计——间接法 161

一、药效基团模型法 161

二、基于配体相似性的虚拟筛选 165

三、二维定量构效关系 166

四、三维定量构效关系方法 169

结语 174

第五章 药物发现的虚拟筛选方法 176

第一节 概述 176

第二节 化学信息处理 177

一、化学信息的表示方法 177

二、化合物数据库的生成和管理 184

三、分子相似性和多样性分析 186

四、互联网上的化学信息资源 188

第三节 生物信息处理 188

一、序列分析 189

二、蛋白质结构预测 193

三、互联网上的生物信息资源 199

第四节 虚拟筛选 200

一、基于靶点结构的虚拟筛选——分子对接 200

二、基于配体相似性的虚拟筛选——药效基团搜寻 206

三、虚拟筛选后评估 211

结语 211

第六章 先导物的优化 213

第一节 概述 213

一、模仿药物的概念 213

二、优化前提 214

三、优化原则 214

第二节 前药原理 215

一、前药的基本原理 215

二、前药原理的应用 217

三、靶向药物设计 225

第三节 生物电子等排原理 228

一、基础知识 228

二、经典生物电子等排体 231

三、非经典生物电子等排体的应用 234

第四节 拼合原理 239

一、概述 240

二、应用实例 241

第五节 软药设计 246

一、概述 246

二、软药设计方法 247

结语 251

第七章 酶抑制剂和肽拟似物 252

第一节 酶抑制剂 252

一、概述 252

二、酶抑制剂的特征 253

三、酶抑制剂的类型 253

四、设计原理和方法 257

第二节 肽拟似物 267

一、概述 267

二、设计方法和原理 267

第三节 设计实例 279

一、肾素和血管紧张素转化酶抑制剂 279

二、凝血酶抑制剂 286

三、HIV蛋白酶抑制剂 290

结语 292

书中常用缩略语 293

药物设计中常用数据库的网址、内容和说明 297

专业词汇汉英对照及索引 301

彩图 307